医院前身为华东军区空军医疗队，1951年10月建院，是南京首批综合性三级甲等医院，是南京市城镇职工医保、居民医保定点医院，南京市急救中心分站，南京市劳动能力鉴定检查定点医院，省、市“三信三优”单位，省新农合省级联网医院，全军第二批宇航员遴选体检定点医院，全军交通医学研究所南京临床基地，东部战区临床航空医学研究所，东部战区创伤骨科中心，东部战区中医诊疗中心，东部战区心肺康复中心，东部战区糖尿病足诊疗中心，东部战区云计算实验中心，全国健康管理示范基地，安徽医科大学临床医院，陆军军医大学士官学院、南京医科大学、江苏大学医学院、皖南医学院、蚌埠医学院、吉林医药学院教学医院。医院率先导入国际先进的质量管理体系并通过ISO9001-2000国际认证。
医院现有高级专业技术职务人员120名，高学历人才96名，硕士生导师23名。有6名技术干部享受国家政府特殊津贴。设有临床、医疗专业科室44个，病区16个，临床实验室6个，展开床位800张。
医院现有美国GE16排PET-CT、西门子1.5T超导磁共振、GE64排螺旋CT、美国医科达直线加速器、头部伽玛刀、西门子S-2000彩超、C型臂X线数字减影机、数字胃肠、DR、外周血干细胞分离机、体外碎石机、腔内钬激光碎石机、关节镜治疗系统、臭氧治疗机、电子腹腔镜、电子超细胃镜、肠镜、电子十二指肠镜、经颅多谱勒仪及脑干诱发电位仪等大型医疗设备。
医院以“尊重生命、真诚关怀”为理念，奉行“以病人为中心，以质量为原则，以满意为标准”的质量方针，致力于为军队和地方患者提供精致的服务。经过60多年的发展，现已成为一所以航空医学和空运救护为特色，以创伤救治、慢病管理、康复保健为品牌，以精诚医德、精致服务、精细管理为核心价值的打仗型、服务型、创新型现代化军队医院。
“十二五”以来，医院获得中标课题60余项，其中国家级课题5项，战区(军区)科技创新课题50项，江苏省级课题9项等，基金总数达700多万元。获得军队医学科技二等奖1项，中华预防医学科学技术一等奖1项，中华中医药学会二等奖1项，军队科技进步二等奖8项、三等奖66项，军队医疗成果二等奖5项、三等奖66项。获国家发明专利5项，实用新型专利3项。
