鄂尔多斯市中心医院始建于1950年，是鄂尔多斯唯一的三级甲等综合医院，是内蒙古医科大学临床医学院，成立了内蒙古超声医学研究所，是自治区超声质量控制中心，拥有国家级临床重点专科重症医学科和自治区领先学科超声医学科。有影像科、骨科、普通外科、眼科等16个市级领先重点学科。
医院是国家卫计委临床药师培训基地和国家住院医师规范化培训基地。建立了国家消化病临床医学研究中心鄂尔多斯市中心医院分中心、京蒙合作消化疾病医疗中心、内蒙古自治区第三个胸痛中心。腔镜技术、超声医学、影像医学等专业水平居于自治区先进地位。消毒供应中心是自治区实践基地。建成国家心力衰竭医联体内蒙古自治区中心，神经专业、肿瘤专业、心内专业、呼吸专业成为自治区临床医学研究中心核心成员单位。
医院设置康巴什部和东胜部，总建筑面积26万平方米，开放床位1701张。年服务的门诊人次、住院人次居自治区前列。拥有PET-CT、宝石CT、3.0T核磁共振、彩超、血管造影机等先进医疗设备。
医院拥有博士研究生导师1人，博士研究生12人，硕士生导师35人。有国家级、自治区级主委、副主委23人。有享受国务院特殊津贴专家1人、国家突出贡献中青年专家1人、内蒙古草原英才2人、自治区突出贡献中青年专家4人、自治区321层次人才3人、自治区医疗卫生中青年学术技术带头人2人、鄂尔多斯市135人才1人、鄂尔多斯拔尖人才4人、鄂尔多斯草原英才 6人、鄂尔多斯英才 7人、名老中医名中医名蒙医11人、鄂尔多斯市科技新星3人、市青年科技新星1人、鄂尔多斯名医7人。
医院积极开展医改工作和现代医院管理制度试点，加强医院党建工作，去行政化，全员聘用，同工同酬。开展rbrvs绩效考核，实现差异化分配，实现全成本核算。建立区域性医疗联合体，推进分级诊疗。在自治区大型医院中率先启用新的医疗服务项目价格。开展了自治区首例跨省异地新农合即时结报工作。
医院先后获评全国“五一劳动奖状先进集体”“全国文明单位”“全国职业道德建设先进集体”“全国卫生计生系统先进集体”“全国百姓放心百佳示范医院” “中国医院百强院”“自治区平安医院示范单位”等荣誉称号。
